Das Museum befindet sich in einem um 1886 erbauten ehemaligen Schulgebäude, in dem bis 2002 Unterricht gehalten wurde. Einst war es das "Jungenhaus" der 48. Grundschule. Sie nutzt bis heute Dresdens ältestes Schulgebäude.1785 wurde es eingeweiht.

Von 1787 bis 1866 war in diesem barocken Schulbau auch das Königlich-Sächsische Lehrerseminar untergebracht. Heute befinden sich das Schulmuseum, die Grundschule und das Berufliche Schulungszentrum für Gastgewerbe gemeinsam auf dem Areal zwischen Seminar- und Wachsbleichstraße in der Friedrichstadt - Dresdens historisch interessantestem Schulgelände.

Seit 2003 herrscht in dem alten Jungenhaus wieder Leben. Damals begann der Verein Schulmuseum Dresden e. V. mit zahlreichen Schulmöbeln, Büchern, Rollbildern und ehemaligen Lehrmitteln einzuziehen. Dankenswerterweise waren ihm die alten Klassenräume für das künftige Schulmuseum - das fünfte seit über 100 Jahren - von der Stadt Dresden zur Verfügung gestellt worden. Viele Partner halfen mit, allen voran jetzige und ehemalige Dresdner, die Erinnerungsgegenstände aus der eigenen Schulzeit spendeten. Auch die Technische Universität Dresden sowie Mitarbeiter des Sächsischen Umschulungs- und Fortbildungswerkes unterstützten das Vorhaben nach Kräften. Am 24. März 2006 konnte das neue Museum schließlich eröffnet werden. Es will nicht nur Dresdens Schulgeschichte auf vielfältige Art bewahren. Hier arbeiten und forschen auch Studenten im weitesten Sinne zu diesem Thema, geben interaktiven Unterricht. Hier finden Vorträge, Seminare und wissenschaftliche Symposien statt, trifft man sich zum Gedankenaustausch.

Das Museum ist in der kurzen Zeit seines Bestehens umfassend angenommen worden. Davon zeugen über 29.000 Besucher seit März 2006. Frühere Dresdner Schüler frischten hier vor einem Klassenabend Erinnerungen an die Kindheit und Jugend auf, und ihre Kinder und Enkel sind begeistert zu erfahren, wie Oma und Opa einst unterrichtet wurden.